La Loggia Andrea Doria nasce negli anni 60 in seno alla storica Obbedienza di Piazza del Gesù, dove resterà fino al 1973.

In settembre del 1973  la Loggia, composta da 18 Fratelli, passerà all'Obbedienza del Grande Oriente d'Italia, Palazzo Giustiniani.

Resterà nel Grande Oriente d'Italia per ben 36 anni, fino al giugno 2009, data nella quale, a grandissima maggioranza, deciderà di revocare la sua Obbedienza al G.O.I. e di diventare a tutti gli effetti Loggia Sovrana.

Tredici Maestri, fra i quali tutti i dignitari di Loggia in carica (Maestro Venerabile, 1° Sorvegliante, 2° Sorvegliante, Oratore, Segretario e Tesoriere) iniziavano così un nuovo percorso Massonico all'insegna della Tradizione.

Questa non facile decisione è stata presa dopo aver constatato che nella prestigiosa Comunione cui aveva appartenuto per tanti anni, sempre di più dilagava la profanità e sempre meno lo spirito che dovrebbe appartenere alla Libera Muratoria Universale.

Oggi la Loggia Sovrana Andrea Doria lavora a stretto contatto con altre realtà Massoniche italiane e straniere regolari con le quali ha instaurato rapporti di amicizia e reciproca collaborazione.